Układ optyczny spektrofotometru na promieniowanie podczerwone jest identyczny z poprzednio przedstawionymi schematami. Różnice występują w jakości i w konstrukcyjnym rozwiązaniu poszczególnych części aparatów. Jako źródło promieniowania podczerwonego stosuje się zwykle rozrzażone elektrycznie włókno ze spieczonej mieszaniny tlenków ceru, toru, cyrkonu i itru. Do detekcji promieniowania podczerwonego nie można stosować fotoogniw ani fotokomórek, bowiem nie reagują one na ten zakres promieniowania. Stosuje się w tym celu termopary lub czułe kondensatory przeponowe. Ze względu na bardzo skomplikowany obraz widma absorpcji w podczerwieni zastosowano w tych aparatach najwcześniej automatyczną rejestrację widma oraz układ dwuwiązkowy, co eliminuje w tym przypadku nie tylko widmo gazu nośnego, ale także maksima pochodzące np. od dwutlenku węgla obecnego w powietrzu, przez które wiązka przechodzi. Metody oznaczeń ilościowych są analogiczne do opisanych poprzednio.
